巧克力囊肿可采用药物或手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。需要多久具体要看个人的体质和病情的变化，因人而异。