子宫内膜异位现在原因研究还是不明确的，目前知道的是异位子宫内膜种植学说，研究的是子宫内膜自宫腔内脱出，顺着输卵管到盆腔内，然后再局部种植。还有叫诱导学说，是指子宫内膜的组织在炎症，或者其他组织的刺激下发生病变。另外就是遗传学说，即家族内有子宫内膜异位，女儿发生子宫内膜异位症的几率增加。另外研究显示子宫内膜异位症的发生与免疫的异常和炎症也有关系。