卵巢巧克力囊肿主要是手术治疗，术后因为卵巢囊肿具有复发性，所以如果计划怀孕，尽快准备怀孕。否则一旦巧克力囊肿复发，会导致不孕不育的可能。没有计划怀孕者在术后可以用药物治疗，连续用药3个月到半年的时间，避免巧克力囊肿复发。另外，也可以上宫内节育器，主要是可以导致子宫内膜萎缩。这样在临床上导致闭经的情况，也会抑制巧克力囊肿的复发。