巧克力囊肿短期内可出现腹胀、腹部肿块、腹水等恶性巧克力囊肿。恶性巧克力囊肿病人有腹痛、腰痛或下肢疼痛的症状，肿瘤浸润或压迫周围组织。如果盆腔静脉压缩，下肢可能会肿胀。如果是功能性肿瘤，就会出现相应的或高雄激素性巧克力囊肿的症状。