卵巢巧克力囊肿的发病主要原因与分娩，多次流产等有关，产后脱落的子宫内膜种植在宫颈、阴道、盆腔内，以及反复的人工流产术，通过负压吸引至盆腔内。另外，妇科的某些小手术，如输卵管通气或通水，宫颈电烫、冷冻等，都可能使月经期脱落的内膜在此种植，日后形成子宫内膜异位症。内分泌因素、炎症因素、子宫内膜因素，压力过大等都是导致卵巢巧克力囊肿的诱因。