肾结石在人体内的作用主要表现为可导致剧痛和出血，尿路阻塞等，其自身的结石并不直接引起感染。
此外，肾脏功能也会受到损害。但当肾积水或尿路损伤发展到某种程度时，可导致泌尿系统感染。此外，还存在于肾脏周围的软组织内也有很高的感染率，其中包括输尿管以及膀胱黏膜组织在内。如感染未及时控制，细菌可通过血液通路到达血液循环，血液中繁殖旺盛，造成严重的感染，并最终导致感染性休克。