淋菌性尿道炎的治疗方法主要是药物治疗。
抗生素是淋菌性尿道炎的首选，而头孢曲松是首选的治疗方法，单次肌肉注射可以产生高浓度的药物，99%的病人都能痊愈。头孢克肟、环丙沙星、左氧氟沙星等是单次口服给药，对于没有并发症的泌尿生殖道感染有很好的治疗效果。
鉴于抗生素耐药性增加，目前不建议首选喹诺酮类药物，妊娠期间禁止使用喹诺酮类药物。