尿道感染是由细菌上行感染、血行感染、淋巴感染、直接感染等多种原因引起的。病原微生物包括：细菌，衣原体，支原体，真菌，病毒，寄生虫等.此外，泌尿系统的解剖生理特性也会引起感染。
另外，机体在各种病理状态下可出现全身免疫功能下降，使局部的抗感染防御功能减弱或被破坏，此时容易诱发泌尿系统感染，如妊娠、糖尿病、慢性肝病等。