尿频、尿急、尿痛是非淋球菌尿道炎的常见症状，还会有尿道上的瘙痒和分泌物。
大多数非淋球菌尿道炎的临床表现并不是很突出，以尿道刺激症为主，以尿频，尿痛，尿道口瘙痒，尿道内的粘性分泌物通常是长期患病的。
男性非淋球菌尿道炎也会导致阴茎红肿疼痛，同时伴有附睾炎时会有睾丸肿大、疼痛等症状。建议患者遵医嘱服用喹酮类抗生素进行治疗。