一般情况下，射完精后阴茎疼痛的原因可能是精囊炎，睾丸附睾炎等。
1、精囊炎：精液通过尿道射出体外之前会从睾丸附睾进入输精管、射精管。当精囊有炎症的时候，在阴茎的内部的尿道就会出现射精疼痛的现象。
2、睾丸附睾炎症：精液里面有白细胞、红细胞导致，会刺激阴茎出现疼痛的症状。为了明确病情，及时治疗，建议及时去医院进行相关检查，如做睾丸附睾彩超和精液分析。