常见病原菌以革兰阴性杆菌为主，例如大肠埃希菌、变形杆菌，还有革兰阳性球菌，例如金黄色葡萄球菌等。在临床上，细菌所致疾病可分为急性菌痢、慢性菌痢及混合感染性腹泻三类。感染的方式有以下几种。
一、上行性感染。当尿路中存在大量病原菌时，可引起肾盂和/或肾周围脓肿形成。致病菌通过尿道到达膀胱，再沿着输尿管向上至肾脏。病原菌通过尿液或乳汁等直接侵入人体。
二、血行感染。例如由伤口或皮肤侵入体内引起局部炎症和败血症等。细菌来自身体其他地方感染病灶，通过血液向泌尿系统扩散。在人体各脏器和淋巴结之间发生转移或扩散而引起全身性感染。
三、淋巴道通路感染。主要是由呼吸道和肠道等处的病原菌所引起。致病菌由邻近病灶经淋巴管向泌尿系扩散。在某些情况下可由肠道或其它部位引起全身感染。
四、直接感染。在这些疾病中由于淋巴引流障碍而引起了肾盂或输尿管积水。细菌从临近发生感染的脏器直接产生，若阑尾脓肿，盆腔化脓性炎症等。感染有的时候还会从外界传来，若直接经瘘道，瘘管，泌尿系统就会受到感染。