多数肾结石患者，若经过积极治疗，并不会导致肾衰竭。但重度肾结石的话，如果不经过积极的治疗，就有可能引起肾衰竭。
肾结石自身可引起肾组织破坏，肾输尿管结石会导致肾输尿管黏膜上皮细胞的脱落，输尿管息肉肾组织溃疡，纤维增生等，甚至肾钙化。另外肾结石也可能对肾功能产生影响，使其不能正常发挥生理功能。肾结石是尿路结石之一，尿路结石导致尿路出现不同程度梗阻，堵塞严重者会导致肾积水。