泌尿系统感染的病人，通常会采用抗感染的药物。
在未发现病因之前，对于革兰氏阴性菌，特别是初次感染时，应优先选用抗菌药物。如果在3天内没有好转，则根据药物敏感程度进行相应的调整；选用高浓度的尿液和肾脏；选择低肾毒性、低不良反应的抗生素；当单药无效时，严重感染、混合感染、耐药菌株等均需联合用药。根据感染的部位、人群、病情的严重程度、发作规律等因素，使用的药物也会有差别。