一般慢性淋菌性尿道炎，往往是因为在急性期，没有得到正规的治疗，或者没有及时引起重视，从而导致病情加重，引起慢性变化。对于慢性淋菌性尿道炎，还是要去正规的医院接受正规治疗。
可以在医生指导下用抗生素，如喹诺酮类、或头孢类抗生素。同时应用抗生素前，宜对该药液，先做微生物培养鉴定后再做药敏试验。由于这类慢性淋菌性尿道炎的发生，许多患者可能会开始使用抗生素而导致耐药性的产生。开展药敏试验可依据该药敏结果选择敏感性抗生素并有针对性地处理。