如果诊断出了肾脏血管内的血栓，一定要及时进行抗凝剂和溶栓，以避免血管内的血栓扩散，尽早的溶栓，促进血管的再循环。如果是急性肾血管内栓塞，可以采用溶栓疗法，也就是活化纤溶酶原、溶栓纤维蛋白，将其溶化，常见的有尿激酶、链激酶、阿替普酶等。
但如果是长期的血栓，则是抗凝治疗的主要选择，比如华法林，低分子肝素，如果需要的话，还可以选择介入治疗，也可以进行手术切除。