大多数肾结石病人会表现为腰酸、腰痛，大的肾结石会在肾盂和肾盏受到挤压，造成肾脏的水肿，主要表现为腰背部的钝痛、隐痛，运动后会加剧，更多的是由于运动后的疼痛。
肾盂和输尿管中的微小的石头会受到影响，从而导致肌肉的抽搐，并伴随着强烈的痛楚，就像是被人用一把锋利的刀子一样，沿着患侧的输尿管一直延伸到下腹和大腿，有时候会表现出脸色苍白、出冷汗、恶心呕吐、脉细弱、血压下降等。疼痛经常伴随着剧烈的运动而停止或者减轻，也可以是因为腹部的隐痛，比如在输尿管末端结石上会出现尿道刺激，在疼痛之后可以从尿中排出一些细小的石头。血尿，因其对肾脏及输尿管粘膜造成损害，往往会在剧烈疼痛后，表现为镜下血尿或肉眼血尿，其严重性与损害的程度有关。