肾结石的痛苦主要有肾盂阻塞、肾盏腔内压力增加、肾包膜张力过度等，还可能与肾脏结石的炎症、水肿、黏膜刺激、蠕动增强等有关。
疼痛的主要发生在腰部和腰部。但如果肾脏体积小，则可能会在肾盂或肾盏中移动，特别是在肾盂出口处和肾盏的颈段，使其发生强烈的运动。因此如果尿道突然阻塞，会导致肾脏聚集的牵引，导致肾脏绞痛。肾结石有明显的痛楚，主要表现为一侧的腰腹部有钝痛或隐痛，运动后会加剧。在肾脏或输尿管中运动并受到刺激的小结石会导致肌肉的抽搐。