肾结石引起的疼痛可能是整个尿路，包括肾脏，输尿管，膀胱、尿道为管道系统，存在结石时，会导致梗阻，可引起肾脏内压力升高，表现为胀痛隐痛。也可能是体积较小的结石在肾脏内可活动，也可向输尿管下方移动，输尿管结石在其中的活动和移动，可刺激平滑肌，引起绞痛。可能是结石合并感染、炎症，可引起周围肾组织及输尿管的炎症，也可导致炎症渗出，引起病人疼痛。