龟头小便会疼是尿道感染的表现，由于尿道的炎症刺激尿道粘膜，充血水肿，严重还会有渗出，所以在小便的时候会出现龟头的疼痛，泌尿系统的感染也会出现龟头小便疼痛的症状，同时还会伴有尿频尿急等尿路刺激症状，患有急性细菌性前列腺炎，在小便时也会出现龟头疼痛的症状，同时还伴有会阴部疼痛以及腰膝酸软的症状。