尿分叉的原因有生理性分叉和病理性分叉。生理性尿分叉是偶发或一时性的，这大多与疾病无关。其主要是由于前尿道或尿道开口处临时有阻塞。长期排尿分叉大多由于后尿道或尿道口处狭窄，或因慢性炎症后形成瘢痕，导致了尿液不能通畅排出。急性尿道炎、前列腺炎，由于尿道充血、肿胀、分泌物增多，可影响尿液的通畅而出现分叉现象。