尿道口囊肿的形成，主要原因是由于病菌入侵引起。是尿道口后部两侧缘附近粘膜下组织中的尿道旁管发生感染时，其在尿道口边缘处的很小的管口阻塞，而形成尿道口旁囊肿。也可能是尿道粘膜上皮细胞团于异位增殖，其中心形成空泡，而未与尿道相通，可形成尿道囊肿。