小便分叉如果是偶发或一时性的，这大多与疾病无关。其主要是由于前尿道或尿道开口处临时有阻塞。还有是男子射精后因部分精液还残存尿道中，海绵体充血尚未完全消失，导致尿流不畅。如果小便分叉为经常的或长期的排尿分叉，很可能与一些疾病相关。长期排尿分叉大多由于后尿道或尿道口处狭窄，或因慢性炎症后形成瘢痕，导致了尿液不能通畅排出。