结石合并感染时，可加速结石的增长和肾实质的损害。在结石排出或取出前，这种感染很难治好，可发生肾盂肾炎、肾积脓、肾周围炎、严重者甚至可发展为肾周围脓肿;与腹膜粘连后，可穿破入肠管。显微镜下可见肾间质炎症，细胞浸润和纤维化，肾小管内有中性粒细胞和上皮细胞，后期出现肾小管萎缩和肾小球硬化。