精子畸形率高证明精子质量有问题，是会影响到怀孕的。精子畸形率高有可能是因为一些实质性疾病，像睾丸炎，精囊炎，前列腺炎等疾病会造成精子质量差。像抽烟，喝酒，高温，劳累，压力过大，精神紧张等因素也会影响到精子质量。只要一次射出的精子正常的占到3%-4%，则是正常范围，一般都可以正常怀孕。