膀胱灌注后，最大的副作用就是会出现血尿、尿频、尿急、尿痛。常见的就是化学性的膀胱炎和泌尿道感染。化学性膀胱炎，因为灌注液的浓度太高，或者灌注液在膀胱内停留时间太长，导致化学药物腐蚀膀胱黏膜，导致出血、血尿、尿频、尿急、尿痛等。逆行感染因为在膀胱灌注过程中，没有有效的遵守无菌的观念，导致尿道炎逆行进入膀胱，导致膀胱炎。