输精管堵塞有很多原因，主要有：泌尿生殖系统感染，如附睾炎、前列腺炎、精囊炎等；囊肿或肿瘤导致，如附睾肿瘤、精囊肿瘤、前列腺肿瘤等；先天性畸形导致，如附睾头、体、尾段缺失等；损伤导致，如疝气修补术、精索静脉曲张、精索肿瘤手术等会伤及输精管等原因会导致输精管堵塞。