怀孕三个月了肚子有点隐隐的疼可能是以下原因导致的：
1.怀孕三个月，子宫会从骨盆里缓缓向腹腔内钻，随着时间推移，子宫会变得越来越大，在扩张的过程中，子宫会对盆腔韧带造成牵扯，腹部会出现疼痛。
2.在怀孕三个月的时候，由于情绪波动、同男性发生性行为、从事剧烈的体力劳动、剧烈的运动等因素，都会导致胎儿的子宫收缩，从而导致腹部疼痛。
3.怀孕三个月如果胚胎质量差、体内孕激素释放不够等原因导致的先兆流产，容易出现腹部下坠感、阴道异常出血等情况，还会伴有腹痛等情况。