怀孕三个月腰疼的厉害的原因如下：
因为怀孕后胎盘分泌松弛素使椎骨间关节韧带松弛，孕妇会感觉到腰部和肢体有疼痛不适感。同时长期久站或者长期久坐，以及过度劳累和受凉，都可能会引起腰部出现疼痛的现象。腰肌劳损、腰椎病变也会引起腰痛。一般怀孕后腰疼经过休息、改变体位、按摩等方式可以缓解。如果症状较严重，应及时前往医院进行检查并接受治疗。