孕早期空腹血糖5.9致畸的原因如下：
孕早期检查空腹血糖5.9考虑是妊娠期糖尿病或者是糖尿病合并有妊娠。怀孕后孕妇检查空腹血糖不能高于5.1，检查空腹血糖高于5.1考虑孕妇有糖尿病。怀孕期间糖尿病不但对孕妇身体有影响，对胎儿也有一定的影响。容易导致胎儿巨大儿或者是胎儿宫内发育迟缓，或者导致胎儿畸形的可能。