怀孕40多天有褐色分泌物的原因有几种情况：
1.患者的子宫内膜比较薄，受精卵着床后，供血不足，就会分泌褐色的物质。
2.子宫存在先天畸形，也可能出现这种情况，需要做检查确认。
3.染色体有问题，或者胚胎质量不好，也可能会出现褐色分泌物。
4.宫外孕也会出现这种情况，需要立即做检查确认，进一步治疗。