怀孕16天不建议做人工流产，应等到35天后再进行流产。
建议在人工流产前详细检查B超等，排除宫外孕的情况。怀孕早期孕囊较小，可以选择药物流产来终止妊娠。进行人工流产手术的最佳时间，是怀孕后45-60天之间。人工流产会对女性的子宫内膜造成损伤，容易导致不孕、习惯性流产等。建议没有生育需求的女性，同房时采取避孕措施，人工流产手术后补充营养，禁止在一个月同房。