检查发现3.9cm×3.6cm的卵巢囊肿，要根据检查时间确定囊肿性质。
若在月经结束时发现的卵巢囊肿，病理性或生理性的都有可能。建议在下次月经干净后的3-7天复查B超，若包块还在，可能是病理性囊肿，需要定期密切随访或立即处理。若包块消失，则是生理性囊肿，则不用处理。若B超检查结果显示是囊性囊肿，肿瘤标志物指标正常，囊肿没有明显的血流信号，建议咨询医生了解具体情况。