通常不建议孕妇服用奥美拉唑肠溶胶囊，奥美拉唑容易引起头痛、腹泻、恶心等不良反应，不利于胎儿发育。
虽然动物实验表明奥美拉唑对胎儿没有明显的致畸作用，但奥美拉唑是一种质子泵抑制剂，为脂溶性弱碱性药物，容易浓集于酸性环境，口服后会特意分布于胃黏膜壁细胞的分泌小管中，在胃内高酸环境就会转化为亚磺酰胺的活性形式，通过壁细胞分泌膜中的质子泵的巯基与二硫键，结合后呈不可逆性，生成的质子泵的复合物与亚磺酰胺，对该酶的活性有抑制效果，从而阻断胃酸最后的分泌，对胃酸分泌的抑制作用强而持久。通常适用于胃溃疡、十二指肠球部溃疡、反流性食管炎等。
奥美拉唑产生不良反应与剂量无关，通常症状比较轻微，可自动消失。常见的有头痛、腹泻、恶心、胃胀、腹痛及便秘，偶尔会出现皮疹、眩晕、失眠、嗜睡、转氨酶增高的情况。