怀孕41天时，若孕囊大小和月经情况正常，着床早的情况下，可以进行人流手术。
通过彩超检查可以检查孕囊大小，孕囊大小在1cm-2cm之间，可以进行人工流产手术。孕囊在1cm以下则属于偏小，可能流产不全，是不能进行人工流产手术的。若女性长期月经推迟，时间在7-10天，属于正常现象，若在怀孕31天左右的情况下，应在停经7天至10天左右去医院进行观察。
因此，孕囊大小合适，着床较早，孕囊发育良好的情况下，是可以进行人工流产手术的。