女性在怀孕三个月的时候，出现腰疼的厉害的情况，可能是：
1、怀孕后，子宫和盆腔充血而导致。
2、由于子宫慢慢增大，向后压迫腰骶部的神经引起。
3、由于产妇没有休息好，平时剧烈的活动，导致腰骶部肌肉的拉伤，引起腰疼严重。
4、最严重的，还可能是先兆流产的现象。女性在先兆流产时，常常就会出现腰疼明显，还会伴有阴道出血和腹痛表现。