怀孕两个月肚子隐隐作痛的原因主要分为生理性和病理性。
生理性：胎儿在发育的过程中子宫增大，引起轻微的疼痛下坠感觉。这是正常的情况，一般对胎儿的生长和发育并不会有影响。孕妇平时注意休息，不要剧烈的运动，保持好心情。
病理性：怀孕期间，如果孕妇情绪紧张，或者肚子受到外力撞击、受到辐射，吃一些有毒有害的物质，都有可能会影响胎儿生长发育，出现流产先兆，出现肚子疼痛的情况。建议孕妇立即到医院进行相关的检查，要做超声的检查。
另外，孕期的腹痛还有可能与消化系统的疾病有关，比如胃肠炎、阑尾炎、胆囊炎等，要根据具体的临床表现进行鉴别诊断。