怀孕三个月流产与胚胎因素、母体因素及环境因素等有关。
1.胚胎因素：染色体异常为早期流产的最常见病因，其中一半以上与胚胎染色体异常有一定关系，染色体异常有数量和结构两方面，其中数量异常，三体占第一位，而结构方面，则以染色体易位，嵌合体为多.
2.母体因素：如果母体存有全身性疾病，生殖器官，内分泌，强应激，不良生活习惯等。
3.环境因素：如高重金属、氯丁二烯、甲醛、氧化乙烯或其他化学物质暴露。