胎儿乙醇综合征至今尚无专门疗法，因其对中枢神经系统损伤是不可逆转的，无论哪种疗法都不能提高儿童体格，运动和智力等各方面的发育，故预防比治疗更具有重要意义。
对于出现新生儿乙醇撤药综合征的患儿，表现为啼哭明显，激惹强烈，吸吮力较差，活动度过大，惊厥较多，可采用苯巴比妥片进行对症处理，合并畸形的患儿如短眼裂，鼻短及上颌平坦的患儿可选择手术矫形处理。