肺结核多由结核分枝杆菌在空中飞沫传播，并经由呼吸道侵入肺内，宿主90%无明显症状，结核菌能在静止状态下存活较长时间。
结核分枝杆菌通过呼吸道侵入肺内，当免疫受损或者患有其它疾病宿主会出现低热，咳嗽，胸痛和体重下降。肺内原发感染灶常出现在肺中下部，可以是巨噬细胞通过淋巴传播，也可以是血液系统向全身播散。病原体可能存在于肺，肝，脾，脑膜，骨关节，淋巴结，生殖器乃至胎盘等部位，1~3月后宿主可能出现免疫反应，肺部或其它部位原发灶被治愈，吸收，纤维化和钙化出现，病灶被治愈，但是之后结核分枝杆菌仍然可以在机体内存活数年，当宿主免疫力较低时结核分枝杆菌会重新活跃起来，病灶重新变为活动状态。