宫内宫外复合妊娠好发于辅助生殖孕妇、应用促排卵药物的女性、患有盆腔慢性炎症女性。目前确切病因尚未明了，且暂无明确诱发因素，主要可能与内分泌因素、移植因素、排卵因素以及机械因素有关，具体如下;
1、内分泌因素：内分泌因素引起输卵管功能异常，影响输卵管平滑肌节律收缩，导致发生宫内宫外复合妊娠。
2、移植因素：辅助生殖技术后宫内宫外复合妊娠的发生，主要因为移植的囊胚数量多，移植液容量大、压力高等，引起部分胚胎流入其他部位着床和发育，引起宫内宫外复合妊娠。
3、排卵因素：如使用促排卵药物后排卵增多也可导致其发生。
4、机械因素：输卵管炎症、输卵管妊娠史或盆腔手术史和输卵管发育不良或功能异常均有可能导致宫内宫外复合妊娠。