目前，妊娠期直肠癌还没有公认的标准治疗方案，需要长期持续性治疗。临床上采用的主要治疗方法包括手术、化疗等，且一般无需药物治疗。另外制定治疗方案时需参考孕周、肿瘤部位、分期、是否有并发症以及患者意愿等多方面因素。
一、手术治疗
1、孕早期诊断为妊娠期直肠癌，建议终止妊娠，后行专科治疗，以手术治疗为主。
2、孕中期，若有手术指征，可在严密监测母胎情况下，在孕20周后行手术治疗。
3、孕晚期28周后，母体若未发生严重并发症，胎肺未成熟及胎儿情况良好，可对症处理，延长孕周，但推迟的时间越短越好。原则是择期终止妊娠，及早分娩活婴，之后及早行结肠癌根治术。
4、若合并低位肠梗阻或肠穿孔发生时，患者死亡率极高，应立即急诊手术。
二、化学药物治疗
若妊娠合并Ⅳ期直肠癌，可行新辅助化疗，常用的化疗药物有氟尿嘧啶、亚叶酸、奥沙利铂等，另外分娩前3周应停止化疗。