孕早期同房并不造成畸形，胎儿畸形多发生于宫内，多由本身遗传物质所致，占比高；也有因环境因素如物理，化学等不利因素所致；也有由多因素造成，即遗传因素与环境因素共同作用。
因此这些畸形的发生与孕期同房无关，但孕早期同房可能增加感染几率，甚至由于用力过猛、同方节奏加快而造成流产几率相对较高。如妇女妊娠早期出血和腹痛，则应严禁同房，否则会增加胚胎流产几率，造成不全流产和出血或完全流产不良后果。