孕期有卵巢囊肿，孕妇可以通过以下方式进行处理：
在怀孕期间出现了卵巢囊肿，首先要进行肿瘤五项的检测，以明确是否存在肿瘤。若为恶性，则应立即停止怀孕并接受手术治疗。如果是良性的，直径不到五厘米，可以根据情况进行随访，但是在怀孕的时候，肿瘤发展的太快会导致胎儿的流产或者早产。
孕妇需要到正规的医疗机构进行检查，以决定是否可以怀孕。需要经常到医院做B超，以确定囊肿的尺寸，以及孩子的生长状况。