习惯性流产的常见原因可能是染色体异常、病原体感染等。
习惯性流产以夫妇染色体异常最为多见，因此，每一次妊娠后，均可在妊娠早期发生自然流产。也有些妇女，可因感染了带有病原体的疾病，并影响胚胎正常发育。那么，对于这些患者来说，如果他们自身没有受到严重疾病的侵袭，就不应该去医院就诊。例如，弓形虫和疱疹病毒的感染，或支原体、衣原体感染等。如果这些患者患有严重疾病的话，那么在妊娠之后，胚胎无法正常发育，所以也会发生习惯性流产，而且这种情况还经常会伴随着其他一些并发症的产生。