妊娠发现卵巢囊肿，它的治疗要视孕期迟早而定、包块的尺寸及属性，及病人是否有病症。
早孕期间囊肿嵌在盆腔内，可导致流产，中期妊娠易合并蒂扭转，晚期妊娠，如果肿瘤很大就会引起胎位异常，分娩时会导致肿瘤破裂，如果肿瘤位置偏低，会梗阻产道，造成难产。
早孕并发卵巢囊肿，如在怀孕早期，卵巢囊肿直径在6厘米以下，可多为妊娠所致生理性囊肿，这类通常可在不治疗的情况下自然消退。如果囊肿一直延续到孕中期，未见萎缩，但亦不会增加，亦可在产后再行治疗。如果卵巢囊肿呈扩大趋势，或对恶性可能有较高疑虑者立即手术治疗。若妊娠期卵巢囊肿蒂扭转，还需马上做手术。