新生儿的消化道畸形主要是先天性肠狭窄和先天性肠闭锁，这种情况一般都是通过外科手术来治疗的。
外科治疗的原则就是要清除狭窄，按照狭窄的类型，可以分为肠腔狭窄和膜状狭窄，有些是因为肠外肿瘤压迫造成的。如有肝外压迫，应先排除压迫。如果有肠管狭窄，需要先切除肠管，再进行肠腔吻合。
建议在治疗期间多给新生儿补充营养，尽量母乳喂养。