子宫内膜异位症存在怀孕的可能，但是子宫内膜异位症患者的不孕率高达40%。一般情况下，子宫内膜异位症的患者盆腔微环境的改变会影响精卵的结合以及运送。免疫功能异常可能导致抗子宫内膜抗体的增加，从而破坏子宫内膜的正常代谢以及生理功能。卵巢功能异常会导致排卵障碍和黄体形成不良等情况，这也是导致不孕的原因。中重度患者还可能因为卵巢、输卵管周围粘连而影响受精卵的运输，影响怀孕。