相对而言，同卵双胞胎畸形发生率要高于单胎。
胎儿在子宫内需要母体提供的羊膜囊和胎盘。同卵双胞胎是由一个受精卵在子宫内着床，分裂成两个细胞而发育形成。双胞胎尤其是单绒毛膜性双胎，如果出现两个胎儿共用一个胎盘的情况，容易发生双胎输血综合征，导致胎儿生长受限。如果两个胎儿在一个羊膜囊内，则容易发生脐带交锁，导致胎儿死亡。单胎则是一个胎儿使用一个羊膜囊和胎盘，不会发生上述情况。
因此在确认胚胎为同卵双胞胎之后，孕妇应及早对双胞胎的人绒毛膜性进行检查，方便之后的孕检。孕妇可以在怀孕12至14周进行nt检查，15到20周进行唐氏综合征的筛查，20周以后进行大排畸检查，必要时可以做无创DNA检查。