怀孕了有小三阳的处理方法如下：
1、患有乙肝小三阳女性，一旦妊娠，此时需进行肝功能检查，若肝功能正常，则可继续妊娠，但严密观察肝功能，宜每月复查肝功能1次，一旦发生肝功能异常，应及时处理。
2、给予抗病毒治疗，同时病人怀孕中期，大约在孕24周复查乙肝病毒的DNA，若患者DNA大于十的六次方，此时推荐替诺福韦抗病毒治疗，应实施母婴阻断，尽量避免新生儿感染。
3、病人分娩后应立即为新生儿注射乙肝疫苗，并注射免球蛋白予以阻断，实现90%以上的防护，以免新生儿乙肝病毒感染。