孕期抑郁的药物治疗应考虑是否存在致畸的情况。
在孕妇使用药物时，要考虑到胎儿有可能存在的气管畸形、发育畸形、产后的毒性反应、撤药综合征、胎儿神经行为等。例如，在怀孕期间，胎儿接触到五羟色胺再吸收抑制剂的药物与新生儿的毒性反应之间的联系并不十分明确。目前，关于生育安全方面的数据越来越多，因此，妊娠抑郁症的药物疗法非常重要。有时，需要考虑是否使用药物，是否会影响到病人的复发和胎儿的畸形。